Atestado Médico, preciso de esclarecimentos..

Boa noite, trabalho com telemarketing. Um dia antes do trabalho adoeci, peguei uma virose forte, e fui ao trabalho, mais sabendo que não conseguiria completar as 6:20h que é minha carga horária, supervisora perguntou se eu estava doente e falei que sim, ela pergunto se conseguiria completar a carga horária, falei que não sabia, ela disse que se fosse pra eu começar o trabalho e depois ir ao médico interrompendo o serviço afetaria a equipe, então disse a ela que iria ao médico me consultar, fui ao médico, o mesmo informando que estava com virose, e me deu 2 dias de atestado, fiquei 2 dias de repouso. no final do mês foi descontado os 2 dias de atestado, isso está correto? posso processar a empresa? por lei atestado é abonado...