Desconto de faltas na licença maternidade

Trabalho na empresa desde 06/12/2012, engravidei dia 20/06/2013, até então trabalhei normalmente, comecei a faltar por não me estar bem emocionalmente devido a alguns problemas lá pelo mês de agosto até ganhar o bebê. Cheguei a ir alguns dias, mas não seguidos, ia uma vez ou outra. Até então fiquei sem receber todos esses meses em que não trabalhei. Quando ganhei o bebê fui na loja entregar o atestado de licença maternidade e minha gerente alegou que eu devia ainda uns 3 meses para a loja. Acho isso impossível pois todos os meses que não fui não recebi nada por causa do desconto. Perdi o direito de férias, até aí tudo ok, mas e quanto a licença, como fica? Tenho os holerites que comprovam os descontos e tudo mais. Me ajude, por favor!!!