descontos na folha de pagamento.o que é correto descontar?

trabalho em uma empresa ha 5 meses,mas quando estava no terceiro mês ainda estava sem registro.procurei o RH com meus documentos e pedi para que ele me registrasse desde a data que entrei.eles me registraram mas porem descobri que estava gravida e eles fizeram um acordo comigo para receber em casa e não trabalhar mais.porem no meu primeiro pagamento eles descontaram de mim as despesas por terem feito registro retroativo.gostaria de saber se isso esta correto ou eu não tenho obrigação de pagar essas despesas?