Devo seguir com processo trabalhista? Compensa?

Trabalho há 2 anos e 2 meses em uma empresa de publicidade. Fui contratada como recepcionista e logo na primeira semana já estava exercendo funções de outro setor também (auxiliar ADM e ajudando em processos da Controladoria). Depois de muito insistir, atualizaram meu registro da carteira para "auxiliar administrativo", com 3 meses retroativo. Mesmo assim, continuei acumulando função de outros setores; continuei auxiliando em processos da Controladoria e da Produção/Produção Financeira. Em Abril desse ano, passei a responder integralmente pelo cargo de Produtora Financeira, porém não tive nenhuma alteração na Carteira (desvio de função). Agora, depois de 5 meses, estão propondo mudar meu contrato de CLT para PJ, ou seja, propuseram fazer minha rescisão e me contratarem novamente, mas como PJ (continuaria como Produtora Financeira, com o mesmo horário e respondendo à mesma gestora). Como sou a única pessoa que desempenha essa função, cheguei a fazer diversas horas extras que eu não recebo, pois lá não existe nenhum tipo de controle de ponto. Com todo esse histórico, tenho pensado em entrar com um processo trabalhista contra a empresa, porém não faço ideia de quanto isso seria realmente vantajoso para mim (em questão de tempo e valores), pois sei que um processo trabalhista poderá me atrapalhar profissionalmente no futuro. Gostaria de uma orientação se realmente vale a pena eu entrar com um processo por esses motivos que citei. Houve um outro acontecimento que também tenho dúvidas: minha conta bancária é uma conta corrente com uma conta poupança vinculada. A conta corrente estava negativa até um tempo atrás, e eu sempre recebi meu salário na Poupança. Porém erraram um depósito de um salário e fizeram na conta corrente, que "comeu" o salário assim que recebi. Reclamei com o Financeiro e acabei pagando de volta para a empresa esse valor, pois disseram que nada podiam fazer. Assim que isso ocorreu, eu enviei um e-mail formalizando a minha conta correta, dizendo que eu não poderia receber na outra conta e pedindo para considerarem apenas o número da poupança, que é onde eu podia receber. Mesmo depois desse email (e de outros que vieram depois), cometeram o mesmo erro mais duas vezes, por dois meses seguidos. Eu disse que não teria como devover esse custo e que eu havia formalizado o número correto, ou seja, o erro foi totalmente do financeiro. Não devolvi nenhum dos dois valores (até porque em uma das vezes foi depositado um valor quase 800 reais acima do meu valor comum de salario, por um engano do financeiro). Isso foi em Março/Abril, e havia ficado por isso mesmo. Agora estão pensando em descontar de mim o valor desses dois depósitos, descontar do valor da rescisão de contrato. Queria saber se sou obrigada a arcar com esses dois erros, mesmo tendo encaminhado e-mails informando o número correto da conta e pedindo para que desconsiderassem qualquer outra conta que eles possuíam em meu nome. Desculpem o texto gigante, e espero que alguém possa me ajudar. Vão me cobrar uma resposta sobre a mudança de contrato em breve, e queria estar informada antes de tomar alguma decisão. Sou de são paulo. Obrigada!