Vamos dividir a situação:
- Primeiro: Como ainda não possui escritura pública do imóvel, para o Direito e para as pessoas em geral que consultarem o cartório de registro de imóveis, esse casa não lhe pertece, mas sim pertence a "prefeitura". Logo, ainda que ele queira lhe processar, nesse momento, não há direito real Vso a ser dividido, logo não haverá deferimento do pedido dele. Como nesse momento a Sra. possui o posse da casa, essa posse é praticamente consolidada, por ser mulher e mãe e estar com as crianças residindo no local, remotamente seu ex conseguiria algo, judicialmente (nesse momento).
- Segundo: No futuro, quando o imóvel estiver em Vso. nome e Vso. ex demandar judicialmente pela divisão da propriedade do imóvel, a Sra poderá provar, através de comprovante de quitação que fora a Sra. que comprou o imóvel antes de mesmo de haver união estável (se é que houve).
Essa situação futura que a Sra. possui "expectativa de direito real" sobre o imóvel, se torna complexa se a Sra. não tiver esse comprovante de quitação (no qual teria "comprado" a posse da antiga pessoa que residia nesse imóvel sem origem legal). Nesse caso seu ex poderia arguir em juizo que teve participação no usucapião do imóvel e que teria direito de expectativa real, assim como a Sra.
Acredito que a Sra. já deva saber, que sempre que o imóvel é de tal origem legal, as formas de comprovar propriedade são sempre passíveis de indagações. Logo, o risco é inerente. Seja através de alguém que tenha residido no imóvel com a Sra afim de obter posse para transferência real, futura e incerta, seja através da dependência das decisões de um órgão público para a reconhecer, publicamente, como a real proprietária do bem.
Parabenizo a Sra em querer conhecer legalmente Vsa. situação e se preparar antes do problema acontecer, porém somente Vsa. paciência e torcer e esperar pelo melhor (nesse momento) lhe cabe.