Emissão não autorizada de notas fiscais da minha empresa

ha mais ou menos um ano abri uma empresa Ltda-Me, por um questão de planejamento resolvi que esta empresa ficaria em stand by, o contador me informou que não haveria problemas, pois a empresa nunca havia faturado nada, esta semana descobri que haviam um milhão de reais faturados em minha minha empresa para outras quatros empresas, um delas de propriedade do meu até então contador, gostaria de saber como proceder, pois recebi esta semana visita de um funcionário da secretária da fazenda, e não sei como fazer para resolver esta questão, até porque ainda tem a questão dos impostos.