empregador nao assinou a carteira

Bom Dia. Minha esposa trabalha desde 1999 em uma empresa de informática, e até 2005 foi depositado seu FGTS e assinada a carteira(não sei se está correto ate 2005). Não teve sua carteira rescindida e continua assinada, porém a empresa criou outra empresa com outro CNPJ e não pagou nem deu esclarecimento da empresa antiga pois a carteira de trabalho está a anos de posse do empregador, mas está assinada ainda. Há poucos diz, verifiquei junto ao FGTS seu saldo, mas constatei que haveria pouco dinheiro pelo tempo de trabalho, e perguntei para uma empresa de contabilidade que cuida dos documentos de onde minha esposa trabalha sobre a situação dela, e me falaram o seguinte: - Que minha esposa não tem carteira assinada desde 2005, e foi dada baixa da empresa antiga. Pergunto como a empresa dá baixa em um CNPJ e não paga primeiro os direitos trabalhistas ou pelo menos faz acerto antes de fechar a empresa antiga?? Ela continua trabalhando na empresa até hoje e achava que sua carteira estava em dia e sendo pago tudo(INSS,FGTS etc..), mas na verdade não está, e com o outro CNPJ novo que criaram não tem funcionários com carteira assinada, nem minha esposa está. Como minha esposa pode proceder em colocar a carteira dela em dia, com todos seus direitos desde 2005, incluindo nisso pagamento do seu FGTS, INSS, ferias etc.. corrigidos??? Ela tem um salário de 900,00 reais, o qual esse valor é pago mas sem nada de registro, nem na carteira e nem em outros documentos. São 9 anos sem ser assinada a carteira, e não queremos perder esse tempo de contribuição do INSS e FGTS, tem como a empresa fazer a regularização??? O empregador ficou com a carteira dela presa , por esse motivo, não estar mais pagando em dias suas contribuições. E agora que vi esses erros absurdos, pois verifiquei seu fgts. Tem como dar uma luz ou orientações?? fico agradecido Tito Robalo