Erro em acerto salarial grave e sem justificativa

O que acontece é o seguinte,trabalhei em uma empresa por quase 3 anos,sendo q 2 anos e 1 mês foram sem carteira assinada. No mês de novembro do ano passado fui diagnosticada com depressão em caso avançado,onde eu tinha crises de descontrole e desmaios,Então meu patrão resolveu me dar férias, me pagando o salario e não as férias. comecei a me tratar e fiquei bem por um tempo. Em fevereiro deste ano ele resolveu assinar minha carteira para que se caso eu tivesse outra crise, ele queria me jogar para o governo para não ter prejuízos comigo. Em abril a doença voltou com tudo, então fui afastada do serviço por 2 meses, só que,eu não tinha o direito do auxílio doença porque ele demorou de mais para assinar a carteira. então nesses 2 meses ele me ajudou com uma quantia d 500.00 reais por causa dos remédios que são muito caros. Depois que venceu meu afastamento e eu voltei ao trabalho já fui recebida com meu aviso prévio, e já no outro dia ele me mandou embora. Fizemos o acerto correto dos 6 meses de carteira assinada,mas já no acerto dos 2 anos sem carteira assinada,foi uma coisa completamente sem nexo, me cobrou até um adiantamento salarial de 1.000 reais que nunca fiz, isso entre os cálculos completamente equivocados do FGTS,com uma base salarial bem abaixo do que era realmente, e também não foi acrescentada nenhuma multa. Enfim, não entendo nada disso e não tenho acesso a alguém que possa me orientar. Por favor me ajude nessa questão se possivel. Desde ja agradeço...