Bom dia, o ato da empresa está correto, somente os mencionados no art. 473 é consideradas faltas justificadas.
Art. 473. O empregado poderá deixar de comparecer ao serviço, sem prejuízo do salário:
I - até 2 (dois) dias consecutivos, em caso de falecimento do cônjuge, ascendente, descendente, irmão ou pessoa que, declarada em sua Carteira de Trabalho e Previdência Social, viva sob sua dependência econômica;
II - até 3 (três) dias consecutivos, em virtude de casamento;
III - por um dia, em caso de nascimento de filho, no decorrer da primeira semana;
IV - por um dia, em cada 12 (doze) meses de trabalho, em caso de doação voluntária de sangue devidamente comprovada;
V - até 2 (dois) dias consecutivos ou não, para o fim de se alistar eleitor, nos termos da lei respectiva.
VI - no período de tempo em que tiver de cumprir as exigências do Serviço Militar referidas na letra c do artigo 65 da Lei nº 4.375, de 17 de agosto de 1964 (Lei do Serviço Militar).
VII - nos dias em que estiver comprovadamente realizando provas de exame vestibular para ingresso em estabelecimento de ensino superior.
VIII - pelo tempo que se fizer necessário, quando tiver que comparecer a juízo.
Como fazer prova de auto escolha não é, é direito da empresa descontar os dias necessários para tirar CNH. Cabe o bom senso do seu superior e te liberar para que você possa estar compensando este dia em outro.