Boa tarde, o desconto referente ao vale transporte não utilizado é direito da empresa descontar sim. O vale transporte é para uso casa-empresa e vice versa, se você não utilizar por motivos de falta, ou atestados, a empresa poderá descontar de você.
A Lei 7.418/1985 estabelece que o Vale-Transporte deve ser usado exclusivamente para este fim.
A concessão do Vale-Transporte autoriza o empregador a descontar, mensalmente, do beneficiário que exercer o respectivo direito, o valor da parcela equivalente a 6% (seis por cento) do seu salário básico ou vencimento.
Se empregado que não comparecer ao trabalho, por:
Motivo particular;
De atestado médico;
Férias;
Por compensação de dias em haver ou dias abonados em banco de horas;
Licenças (maternidade, paternidade, remunerada, não remunerada e etc.).
Não terá direito ao vale-transporte referente ao período do não comparecimento.
Se a empresa já adiantou o Vale Transporte referente a este período, resta justo o seu desconto ou a compensação para o período seguinte, podendo optar por uma das situações abaixo:
Exigir que o empregado devolva os vales transporte não utilizados;
No mês seguinte, quando da concessão do vale, a empresa poderá deduzir os vales não utilizados no mês anterior;
Multiplicar os vales não utilizados pelo valor real dos mesmos, e descontá-los, integralmente do salário do empregado.
Quanto ao desconto do vale refeição, sugiro que procure o sindicato da classe para conhecimento da Convenção Coletiva da empresa. Pois isso pode está especificado na convenção.