Rodrigo,
A justiça do trabalho relava o princípio da primazia da realidade para analisar conflitos trabalhistas, judicialmente. Logo, terá que recolher fontes testemunhais e verbais para tais audiências, em Vso. favor.
Porém deve ter entendimento, que ainda sem o registro formal desse empregado, o mesmo deveria receber toda exigências legais, como décimo terceiro, férias proporcionais, saldo salarial em dia, horas extras se o caso, etc. Uma vez que o empregado demande em juízo, automaticamente terá direito a todos valores, atualizados, somado de indenização por pleitear, em juízo, por tais valores.
Se estiver em dia com todos encargos ora citados, então deverá preocupar-se com a forma da rescisão do contrato de trabalho, se houve demissão sem justa causa, se houve recolhimento de aviso prévio, etc.
Portanto, muito são os fatores que irão favorecer esse empregado em uma demanda jurisdicional, se comparado ao simples fato de negação do mesmo no registro, já que no Direito do Trabalho impera o princípio da Irrenunciabilidade de seus direitos.
Conclusão:
Busque um acordo comercial favorável ao empregado, antes que receba uma citação trabalhista e lhe cause maiores prejuízos.
Não existe isso: é obrigação do empregador registrar o funcionário. Ninguém pode trabalhar uma hora sem estar registrado.
O juiz provavelmente mandará que se registre retroativamente, ou seja, desde a data que ele começou a trabalhar. Tudo o que não foi recolhido terá que ser pago, por exemplo FGTS.
Mas fique calmo que não é nada de outro mundo
Estou de acordo com os colegadas operadores da lei, e aproveito para responder outra dúvida que questionara em outra pergunta:
Deve visitar a primeira audiência já na presença do Advogado Trabalhista o qual irá defedê-lo nessa demanda.