Boa tarde, é fato que há algo errado, pois deu a entender que eles estão sim efetuado o pagamento mas provavelmente no sistema informou que houve esse pagamento em dobro por isso do desconto. Tente entrar em contato com um dos seus supervisores para ele comunicar o ocorrido, ou caso, seja possível você mesmo entre em contato com a administração para ver o que esta ocorrendo. Fique ciente que o vale-transporte é um benefício estendido a todas as categorias de trabalhadores: os servidores públicos federais, do Distrito Federal, territórios e autarquias; a todos os empregados; os atletas profissionais (Lei n.º 6354/76) e; aos domésticos.
Outra hipótese, já que eu não sei se isso acontece com tanta frequência, por acaso você fez a solicitação do pedido do vale transporte? Só para a sua informação, se não existir um formulário próprio, requeira-o por meio de processo administrativo (com base na lei) junto ao órgão competente para tal e aguarde o deferimento ou indeferimento. Caso seja indeferido a administração pública é obrigada a fundamentar o motivo do indeferimento, aí você ficará sabendo porque não pagam, então poderá contra atacar as razões no mesmo processo em sede de recurso.
"Art. 1º Fica instituído o vale-transporte, (Vetado) que o empregador, pessoa física ou jurídica, antecipará ao empregado para utilização efetiva em despesas de deslocamento residência-trabalho e vice-versa, através do sistema de transporte coletivo público, urbano ou intermunicipal e/ou interestadual com características semelhantes aos urbanos, geridos diretamente ou mediante concessão ou permissão de linhas regulares e com tarifas fixadas pela autoridade competente, excluídos os serviços seletivos e os especiais. (Redação dada pela Lei .7.619, de 30.9.1987)"
De qualquer forma é um direito de todo trabalhador e um dever do empregador.
