Essencialmente a diferença entre o regime estatutário e celetista estará centrada no recolhimento do FGTS, ou seja, enquanto o celestista possui seus direitos estipulados pela CLT (Consolidação das Leis do Trabalho) e, por consequencia possui direito ao FGTS, os estatutários, em regra, possui seus direitos estipulados por lei municipal, o qual geralmente não dão direito ao FGTS, porém, estabilidade após determinado prazo (5 anos geralmente).
Cumpre contudo, destacar que atualmente, as contratações efetuados por meio de "contrato por prazo determinado", exemplificando os Programas de Saúde Família, considerados pela municipalidade como servidores públicos, ou ainda, segundo as Prefeituras, funcionário público, vem sofrendo enormes críticas do Tribunal Superior do Trabalho, especialmente pelo fato de que os contratos por prazo determinado devem necessariamente suprir situações de transitoriedade de prazo máximo de 2 (dois) anos. Contudo, vários programas acabam se tornando duradouros. Neste caso, a Municipalidade deverá realizar concurso público para tornar o contratado "empregado público", porém, sem gerar estabilidade ao mesmo, equiparando-o ao celetista.
