REGULARIZAÇÃO DE IMÓVEL - ANISTIA

Possuo um imóvel na região de Santana de Parnaíba, onde construí o mesmo sem planta e alvará. Fui embargada e multada. Entrei com a arquiteta e conseguimos pegar na anistia e desde o dia 30/06/2014 até a presente data estou atendendo todos os comunique-se deles e agora eles alegam que o terreno particular invadiu a área publica (calçada) contratei um topógrafo e realmente foi constada uma invasão. Eles indeferiram o processo e estou tentando ver com eles o que podemos fazer ´para dar andamento a obra. Sugeri uma permuta e eles iram avaliar o caso. Mas a minha duvida é a seguinte me foi cobrado taxas como emolumentos de área + taxa de ISS e uma multa de embargo, obtive a informação que estas taxas somente poderiam ter sido cobradas caso eles aprovassem o projeto , caso o mesmo não seja aprovado eles teriam que me devolver este dinheiro? Eles poderiam ter me cobrado estas taxas sem a aprovação do projeto? Fico no aguardo de esclarecimentos, Desde já agradeço.