Separação com filhos envolvidos

Boa Noite! Meu nome é Paulo Roberto, estou junto a quase 3 anos, sendo que tem uns meses que eu minha cônjuge não estamos nos dando muito bem, temos um filho de 2 meses, que sempre ela põe em meio a nossas discussões e sempre com ajuda da família dela que colocando idéias na cabeça dela por conta da criança, a família dela quer impedir que eu cuide da criança na ausência dela, ficam querendo se meter na criação, e não deixa nos os pais fazermos os nossos papéis, sendo que esse é um dos nossos principais motivos de nossas discussões. Depois de muito pensar no assunto de me separar, chegou a hora, e gostaria de saber como devo proceder sobre o assunto, porque tenho medo dela sumir com meu filho. O que devo fazer? Quais acordos devo propor? Desde já agradeço pela atenção.