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Geralmente, nas leis que tratam dos estatutos dos funcionários públicos, é estabelecido que o servidor tenha que residir na mesma cidade na qual está lotado para trabalhar.
A Lei 8112/90, que trata dos servidores públicos federais, nada fala sobre isso, mas também não fala sobre indenização de transporte de servidor que mora em uma cidade e trabalha na outra. Então, se a lei não fala, não é permitido qualquer tipo de ajuda de custo.
Aliás, em se falando da ajuda de custo, os artigos 53 até 57, da Lei 8112/90, tratam desse assunto e estabelecem que a ajuda de custo é dada ao servidor que, por necessidade da administração (do órgão no qual trabalha), tenha que mudar de endereço, cidade ou estado.
Já a indenização por transporte, prevista no artigo 60 da mesma lei, estabelece que tem direito ao recebimento de indenização o funcionário que precisa usar o próprio carro para realizar atividades da repartição.
Sobre o auxílio-transporte, você deve consultar o setor de RH da sua repartição. Contudo, você tem direito ao recebimento de auxílio-transporte como todo funcionário federal. Por isso, eu aconselho que você dê uma olhada no Decreto 2880, de 15 de dezembro de 1998, assinado pelo Presidente Fernando Henrique Cardoso.
Espero ter te ajudado. Caso apareçam mais dúvidas, não se preocupe e volte a nos perguntar.
